暗殺教室（第2期）

第1話 夏祭りの時間／南の島で鷹岡との戦いに勝利したE組の生徒達。殺せんせーはカップル成立を目論んで「肝試し」を企画！だが、いつしかE組全員でのイリーナと烏間をくっつける作戦に！？果たしてその結末は！？夏休みも終わりに近づき、2学期へと思いを馳せる生徒達。その裏で謎の男の影も…？

第2話 カエデの時間／茅野発案、殺せんせー暗殺プラン「プリン爆殺計画」。E組の生徒達はいつもはサポートに回る茅野の指揮で殺せんせーの暗殺を試みるが…？烏間先生のトレーニングも厳しさを増し、裏山でフリーランニングを使った「暗殺ケイドロ」の授業も開催。着実に力を高めるE組だったが、一方で椚ケ丘市内を騒がす“下着泥棒”のニュースも気がかりで…。

第3話 堀部糸成の時間／シロに率いられたイトナが殺せんせーに再び襲いかかってきた！激しく切り結ぶ両者だったが、イトナを捨て駒とするシロの策略に、E組の生徒達もイトナを彼の“執着”から切り離すべく奔走する。身の振り方を教える寺坂らを前に、葛藤を抱えるイトナは…。

第4話 紡ぐ時間／正式にE組に仲間入りしたイトナの特技を活かした「ラジコン作戦」により、ゲスい男子たちが一致団結！彼らは女子には内緒で綿密な計画を立てるが…。ある日、自身の本名を気にしていた木村のために、殺せんせーはその日1日生徒全員がコードネームで呼び合うことを提案。果たしてどんなコードネームが！？

第5話 リーダーの時間／E組のイケメン委員長、磯貝悠馬。家計を助けるために行った校則違反のアルバイトをA組の五英傑に見つかってしまう。浅野学秀が出した見逃す為の条件。それはE組が来たる体育祭でA組に勝利する事！全く異なるリーダーの素質を持つ二人の対決、その結果はいかに！？

第6話 ビフォーアフターの時間／中間テストを2週間後に控えたある日、暗殺技術を過信したE組の生徒達はある保育施設の年老いた園長に大怪我を負わせてしまった！生徒達の間違った力の使い方を正す為、殺せんせーは一切のテスト勉強を禁止、保育施設でのボランティアを課す。老朽化した施設と、やんちゃだが問題を抱える児童を前に、E組の生徒たちは…。

第7話 死神の時間 前編／イリーナ先生の誕生日を気にも留めない烏間先生に、花束を贈るよう一計を案じるE組の生徒たち。しかし、あっけなくバレてしまい、その日以降イリーナ先生は学校へ姿を見せなくなった。心配を募らせるE組生徒たちの前に、突如“死神”と名乗る殺し屋が現れ、イリーナ先生をさらったことを告げる。生徒たちだけで来るように告げた“死神”を追い…。

第8話 死神の時間 後編／“死神”に対し、全く歯が立たなかったE組の生徒たち。殺せんせーと烏間先生も駆けつけ全員で死神と対峙するが、そこへ“死神”の側へ付いたイリーナ先生も立ちはだかり、殺せんせーも捕われの身となってしまう。一人“死神”を追う烏間先生。そして、烏間先生と“死神”の一騎打ちが始まった！

第9話 2周目の時間／成熟の11月--。暗殺期限が残り4ヶ月と迫る中、進路相談の時期がやってきた。クラスメイト各々が進路を考える中、悩んでしまう渚。そんな中、渚は母親から突然「E組を抜けさせる」と告げられる。

第10話 学園祭の時間／クラスの経営手腕が試される椚ケ丘の学園祭。浅野学秀率いるA組はスポンサー付の派手なイベントを開催。一方E組は旧校舎の立地を逆手に取っての自給自足、天然食材を使った食堂で勝負！果たして結果は！？さらに歴代アサシンや「渚ちゃん」目当てのユージ君まで現れて…？